Bei der manuellen Funktionsanalyse werden alle strukturellen Veränderungen aufgenommen. Im Speziellen werden Kau- und Kauhilfsmuskeln, Sehnen, Bänder, der komplette Kapselapparat sowie der Discus durch z.T. Grenzbelastungen getestet.
Abweichungen von der Normalität bedingt durch Schmerzen oder Bewegungseingrenzungen sind häufig Anzeichen für eine CMD.
Durch Provokationstests wird ein Belastungsvektor (Kraftrichtung) ermittelt, den es zu kompensieren gilt. Hieraus lassen sich strukturelle Diagnosen ableiten die hin und wieder durch bildgebende Verfahren wie CT oder MRT verifiziert werden.
Auch werden weiter entfernte Strukturen mit untersucht so z.B. die Beweglichkeit der HWS. Ein weiterer wichtiger Punkt ist die Stellung der Wirbelsäule sowie die Stellung des Beckens. Nicht selten muß eine Diagnose im Team erstellt werden.